① 发源地不同。有机食品和有机农业的发源地是欧洲，绿色食品起源于中国，无公害食品主要起源于中国，“无公害”一词从国外引入。 ② 标识不同。有机食品在不同的国家、不同的认证机构其标识不相同。绿色食品标识是唯一的。无公害食品的标识在不同的认证机构有不同的标识。 ③ 认证机构不同。绿色食品的认证由中国绿色食品发展中心负责全国绿色食品的统一认证和最终认证审批，各省、市、区绿色食品办公室协助认证。有机食品的认证一是由国家环境保护总局有机食品发展中心进行综合认证；二是由中国农科院茶叶研究所有机茶研究与发展中心认证有机茶；三是一些国外有机食品的认证机构在中国开展有机食品的认证。无公害食品的认证机构较多，只有在国家工商行政管理局商标局正式注册标识商标，或颁布的省级法规，其认证才有法律效应。 ④ 认证方式不同。有机食品的认证实行检查员制度，绿色食品的认证以检测认证为主，无公害食品的认证以检查认证为主，检测认证为辅。 ⑤ 标准不同，分级不同。无公害食品、绿色食品和有机食品的标准各不相同，但总的可以分为三个档次，即无公害食品是基本档次，A级绿色食品是第二档次，AA级绿色食品和有机食品为最高档次。
